Structural chemistry by diffraction methods

lchm2251  2019-2020  Louvain-la-Neuve

Structural chemistry by diffraction methods
Note du 29 juin 2020
Sans connaitre encore le temps que dureront les mesures de distances sociales liées à la pandémie de Covid-19, et quels que soient les changements qui ont dû être opérés dans l’évaluation de la session de juin 2020 par rapport à ce que prévoit la présente fiche descriptive, de nouvelles modalités d’évaluation des unités d’enseignement peuvent encore être adoptées par l’enseignant ; des précisions sur ces modalités ont été -ou seront-communiquées par les enseignant·es aux étudiant·es dans les plus brefs délais.
3 crédits
22.5 h + 7.5 h
Q1
Enseignants
Filinchuk Yaroslav;
Langue
d'enseignement
Anglais
Préalables
Reussite dans un course "Eléments de cristallographie et spectroscopie moléculaire", première partie: "Cristallographie" [CHM1251B] ou la connaissance de la cristallographie de base obtenue dans la recherche expérimentale quotidienne
Thèmes abordés
1.     Introduction. L'actualisation de la connaissance de base de la cristallographie: symétrie et principes de diffraction. Problème de phase
2.     Diffraction sur un monocristal: les géométries, diffractomètres et les détecteurs. La résolution structurale
3.     Expérience de diffraction de poudre. Les géométries expérimentales, les instruments. La résolution angulaire. La complémentarité des techniques. Poudre vs diffraction sur un monocristal. Les Possibilités et limites des techniques de diffraction.
4.     Les absences systématiques, la détermination du groupe d'espace. Reconstruction de sections de l'espace réciproque de données de monocristal. Indexation - un défi pour la diffraction de poudre.
5.     Méthodes modernes de résolution de la structure: "charge flipping" et les méthodes dans l'espace direct.
6.     Les méthodes classiques de résolution de structure: les méthodes de Patterson et les méthodes direct, le remplacement moléculaire, le remplacement isomorphe, l'utilisation de la dispersion anomale.
7.     Finalisation de la structure: les cartes différentielles de Fourier, affinement de la structure, des contraintes et des restreints.
8.     Dernière touche: structure absolue, la validation des résultats. Problèmes: les défauts, les jumelages, le désordre. La diffusion diffuse
9.     Qualité des données, l'interprétation des résultats. La publication des résultats d'une thèse ou d'une publication. Bases de données, Pearson symbole, séquence Wyckoff, type de structure.
10.  Description d'une structure, la structure chimique. Identification de type de liaison.
11.  Au-delà d'une structure. Évolution structurale et réactivité dans des conditions non ambiantes: avec le temps, la température, la pression hydrostatique ou de gaz. Les grandes installations, la rédaction d'une proposition (projet)
Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unité d’enseignement, l’étudiant est capable de :

1 - Des méthodes théoriques et expérimentales de diffraction de rayons X et des neutrons
- Détermination de la structure cristalline de données de monocristaux et de poudres
- La capacité à interpréter l'information structurelle en termes de liaison et de la chimie structurale
 

La contribution de cette UE au développement et à la maîtrise des compétences et acquis du (des) programme(s) est accessible à la fin de cette fiche, dans la partie « Programmes/formations proposant cette unité d’enseignement (UE) ».
Contenu
  1. Introduction. L'actualisation de la connaissance de base de la cristallographie: symétrie et principes de diffraction. Problème de phase
  2. Diffraction sur un monocristal: les géométries, diffractomètres et les détecteurs. La résolution structurale
  3. Expérience de diffraction de poudre. Les géométries expérimentales, les instruments. La résolution angulaire. La complémentarité des techniques. Poudre vs diffraction sur un monocristal. Les Possibilités et limites des techniques de diffraction.
  4. Les absences systématiques, la détermination du groupe d'espace. Reconstruction de sections de l'espace réciproque de données de monocristal. Indexation - un défi pour la diffraction de poudre.
  5. Méthodes modernes de résolution de la structure: "charge flipping" et les méthodes dans l'espace direct.
  6. Les méthodes classiques de résolution de structure: les méthodes de Patterson et les méthodes direct, le remplacement moléculaire, le remplacement isomorphe, l'utilisation de la dispersion anomale.
  7. Finalisation de la structure: les cartes différentielles de Fourier, affinement de la structure, des contraintes et des restreints.
  8. Dernière touche: structure absolue, la validation des résultats. Problèmes: les défauts, les jumelages, le désordre. La diffusion diffuse
  9. Qualité des données, l'interprétation des résultats. La publication des résultats d'une thèse ou d'une publication. Bases de données, Pearson symbole, séquence Wyckoff, type de structure.
  10. Description d'une structure, la structure chimique. Identification de type de liaison.
  11. Au-delà d'une structure. Évolution structurale et réactivité dans des conditions non ambiantes: avec le temps, la température, la pression hydrostatique ou de gaz. Les grandes installations, la rédaction d'une proposition (projet)
Méthodes d'enseignement
Le cours est donné en utilisant des diapositives PowerPoint avec une utilisation intensive d'applications disponibles sur le Web, des logiciels, les bases de données cristallographique etc. Un nombre de problèmes est résolus sur un ordinateur pendant les cours et dans le cadre d'exercices.
Modes d'évaluation
des acquis des étudiants
Examen impliquant une question théorique, un exercice sur l'ordinateur et une évaluation d'un rapport de la structure cristalline.
Autres infos
Exercices:
  1. Modèles de structure de cristal: NaCl, CsCl, le diamant, le graphite, CaCO3. Travailler avec les Tables Internationales de Cristallographie volume A: groupes d'espace, les positions spéciales. Le calcul d'un diagramme de poudre (PowderCell, Mercury, Diamond)
  2. Indexation (CrysAlis, Dicvol), détermination de groupe d'espace (CrysAlis, ChekCell), l'affinement d'une profil (Fullprof)
  3. Solution de structure par charge flipping (Platon), et par l'optimisation globale (FOX)
  4. Solution de structure par des méthodes directes, l'affinement pour un monocristal (Shelxs & Shelxl; WinGX) et pour une poudre (Fullprof)
Ressources
en ligne
http://www.ruppweb.org/Xray/101index.html - cours interactif avec un accent sur la cristallographie macromoléculaire.
Bibliographie
1.     C. Giacovazzo, Ed.,Fundamentals of crystallography (IUCr Texts on Crystallography, Oxford University Press, 2002).
2.     Y. Pecharsky, P. Zavalij, Fundamentals of powder diffraction and structural   characterization of materials (Springer, second edition, 2009).
3.     W.-K. Li, G.-D. Zhou, T. Mak, Advanced structural inorganic chemistry (IUCr Texts on Crystallography, Oxford University Press, 2008).
4.     R. Tilley, Crystals and crystal structures (Wiley, 2006).
Support de cours
  • matériel sur moodle
Faculté ou entité
en charge
CHIM


Programmes / formations proposant cette unité d'enseignement (UE)

Intitulé du programme
Sigle
Crédits
Prérequis
Acquis
d'apprentissage
Master [120] en sciences chimiques