Microbiologie médicale

Enseignants

Kabamba-Mukadi Benoît; Rodriguez-Villalobos Hector (coordinateur(trice)); Verroken Alexia;

Langue
d'enseignement

Français

Préalables

Partie bactériologie
Les notions de base de biochimie et physiologie ainsi que de microbiologie générale (WFAR1282T)
Partie Virologie
Principe de la biologie, de la génétique et de la micro-biologie fondamentale

Le(s) prérequis de cette Unité d’enseignement (UE) sont précisés à la fin de cette fiche, en regard des programmes/formations qui proposent cette UE.

Thèmes abordés

L'enseignement comporte deux parties, l'une aborde les aspects généraux de la microbiologie et l'autre l'approche systématique. La virologie est traitée séparément des autres branches de la microbiologie. Dans la partie générale bactérienne, la relation hôte-bactérie à l'échelle des populations et des individus, à l'échelle cellulaire et moléculaire est traitée ainsi que le rapport avec le système immunitaire, la variation antigénique et la conception des vaccins. Dans la partie spécifique, les sujets suivants sont abordés: microorganismes responsables d'infections généralisées, d'infections du tractus digestif, d'infections de l'arbre urinaire, de maladies sexuellement transmissibles, d'infections de la sphère respiratoire et ORL, de méningites et d'infections cutanées. L'épidémiologie hospitalière, les complications non infectieuses d'infections et les principales parasitoses sont également décrites.
Dans la partie générale virale, quelques aspects de virologie fondamentale sont abordés, nécessaires à la compréhension du reste du cours, ainsi que les différents aspects du diagnostic, du traitement et de la vaccination antivirale. Dans la partie concernant la virologie médicale spécifique, les virus individuels sont abordés. La priorité est donnée aux virus fréquents présentant une morbidité substantielle dans notre population tels les virus des hépatites, le virus du SIDA ou les virus herpès. Cette liste n'est pas exhaustive. Les travaux pratiques permettent à l'étudiant de réaliser quelques techniques élémentaires de microbiologie : examen microscopique, cultures de bactéries, identification de germes, antibiogramme, examen sérologique'

Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unité d’enseignement, l’étudiant est capable de :
1	Au terme de mon cours, l'étudiant de médecine BAC3 sera capable de Partie Bactériologie - Nommer les principales espèces microbiennes pathogènes rencontrées chez l'homme et associer celles-ci aux syndromes infectieux observés en médecine humaine. - Expliquer par un exemple le processus d'adhésion d'une bactérie à une cellule humaine, le processus d'invasion d'un tissu, le mode de production et d'action d'une exotoxine bactérienne et le principe de pathogénicité d'une endotoxine. - Expliquer par un exemple le principe d'un vaccin conjugué et démontrer son impact sur la population - Décrire par deux ou trois exemples les mécanismes (génétique et physiologique) d'acquisition de résistance à un antibiotique par une bactérie et expliciter l'impact de l'administration d'antibiotique aux humains sur l'émergence des bactéries résistantes. - Expliquer les paramètres liés tant aux mécanismes de virulence bactérien qu'aux moyens de défense de l'individu et qu'aux facteurs environnementaux impliqués dans la relation hôte-parasite - Identifier les paramètres qui conditionnent les risques infectieux liés aux soins hospitaliers et de mettre en pratique les mesures principales de prévention de ces infections. - Expliciter pour chacun des grands syndromes infectieux rencontrés chez l'être humain:             - infections respiratoires supérieures (pharyngite, sinusite, otite, epiglottite, carie et abcès dentaires)             - infections respiratoires basses (pneumonie) - infections urinaires             - infections du système nerveux central (méningite, abcès)             - infections digestives             - infections cutanées             - infections génitales             - infections transmises par les animaux les paramètres: -          liés à l'hôte -          liés aux microorganismes bactériens, mycotiques ou parasitaires (pathogénicité, épidémiologie, sensibilité) -          liés à l'environnement qui conditionnent la fréquence et le degré de gravité Partie virologie -          Expliquer la conséquence pratique d'éléments fondamentaux de la virologie tels que la présence d'une enveloppe ou l'existence d'une quasi-espèce -          Choisir les tests de laboratoire appropriés dans différentes situations cliniques telles que la recherche d'une immunité, la détection d'une réactivation virale ou le diagnostic d'une infection aiguë -          Expliquer l'implication pratique des différents types de vaccins viraux -          Décrire les différentes formes de transmission des virus et en expliquer les conséquences sur leur épidémiologie -          Expliquer dans les grandes lignes, le mécanisme d'action des différents antiviraux -          Énumérer les indications des différents antiviraux -          Indiquer le principe du mécanisme d'action des antiviraux -          Décrire pour chaque virus étudié les manifestations cliniques principales                 -           Indiquer les méthodes diagnostiques adaptées pour chaque infection virales et dans chaque circonstance pratique, tels que la grossesse ou l'immunosuppression                 -          Choisir l'échantillon approprié pour différentes circonstances diagnostiques Acquis d'apprentissage transversaux : Au terme de mon cours, l'étudiant de médecine BAC3 sera capable de Partie bactériologie -          D'appliquer dans chaque geste de sa vie professionnelle les mesures élémentaires de prévention de la transmission des infections en en comprenant bien le fondement. -          D'appliquer à chacun de ses futurs patients les règles optimales de prévention des infections (hygiène, vaccination,...) en leur explicitant clairement et de façon documentée les arguments probants. Partie virologie -          D'interpréter le résultat d'un test en fonction des valeurs prédictives positive et négatives attendues

Contenu

Partie de Microbiologie générale et Bactériologie
Chapitre 1 : Introduction à la Microbiologie Clinique
Chapitre 2 : Rappel de la bactérie
Chapitre 3 : Comment les bactéries produisent des maladies ? Pathogénicité
Chapitre 4 : Antibiotiques et mécanismes de résistance
Chapitre 5 : Les vaccins
Chapitre 6 : Techniques de laboratoire en Microbiologie
Chapitre 7 : Généralités sur l’épidémiologie et l’hygiène hospitalière
Chapitre 8 : Contrôle des maladies infectieuses : précautions générales et additionnelles
Chapitre 9 : Désinfection et stérilisation
Chapitre 10 : Les bactéries impliquées dans les infections des voies urinaires
Chapitre 11 : Les bactéries impliquées dans les infections cutanées
Chapitre 12 : Les bactéries impliquées dans les infections du système nerveux central
Chapitre 13 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus respiratoire supérieur
Chapitre 14 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus respiratoire inférieur
Chapitre 15 : Les bactériémies
Chapitre 16 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus génital
Chapitre 17 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus digestif
Chapitre 18 : Les bactéries impliquées dans les zoonoses
Chapitre 19 : Les agents de bioterrorisme
Chapitre 20 : Généralités sur les parasites et protozoaires d’intérêt médical
Chapitre 21 : Nématodes d’intérêt médical
Chapitre 22 Cestodes et trématodes d’intérêt médical
Chapitre 23 : Notion de base de mycologie médicale
Partie de Virologie
Virologie générale :
Rappel de quelques principes de virologie (méthodes diagnostiques en virologie, antiviraux, familles de virus, structure, taxonomie, cycles, variations génétiques, éléments de pathogénie)
Herpétovirus, virus des hépatites, rétrovirus, picornavirus, parvovirus B19, adénovirus, poxvirus, virus de diarrhée, virus de la rubéole, orthomyxovirus, paramyxovirus, arbovirus, arenavirus et filovirus, virus de la rage, hantavirus.
Virologie systématique 1 : HIV, HPV
Virologie systématique 2 : Herpesviridae
Virologie systématique 3 : Picorna, ROR
Virologie syndromique 1 : Hépatites virales
Virologie syndromique 2 : Virus impliqués dans les infections respiratoires
Virologie syndromique 3 : Virus impliqués dans les infections du système nerveux central système gastro-intestinale
Virologie syndromique 4 : Infections virales sexuellement transmissibles, infections virales (ré)-émergentes et infections virales cutanéo-muqueuses

Méthodes d'enseignement

En raison de la crise du COVID-19, les informations de cette rubrique sont particulièrement susceptibles d’être modifiées.

Le mode d’enseignement est axé sur le développement de la curiosité intellectuelle, l’esprit critique et la réflexion de l’étudiant plutôt que sur l’encouragement  d’un apprentissage par cœur.
L’enseignement comprend

• Des exposés magistraux avec des exemples et illustrations qui débutent avec un cas clinique (en relation à la matière présentée) avec des questions qui sont résolues et discutées à la fin de chaque cours.
• Débats avec argumentation et discussion sur un sujet d’actualité
• Enseignement individualisé dans la partie bactériologie sur le site web : www.virologie-uclouvain.be
• Utilisation de la plateforme ICampus : dépôt de tous les documents et diapositives du cours, dépôts d’exercices et correctifs
• Suppléments au cours sous forme de vidéos, liens vers sites internet, atlas d’images et articles scientifiques

Visite (sur base volontaire) guidée du laboratoire de microbiologie pour l’observation in situ du fonctionnement d’un laboratoire de microbiologie clinique et des diverses techniques diagnostiques.
La présence au cours (partie théorique) n’est pas obligatoire. Néanmoins, nous encourageons fortement la présence  car l’examen se base  fondamentalement sur le contenu présenté au cours et les cursus ne sont pas enregistrés.
La présence au cours pratique est obligatoire. Toute absence totale ou partielle nécessite un justificatif à présenter au coordinateur des cours (Prof. H. Rodriguez-Villalobos).

Modes d'évaluation
des acquis des étudiants

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Les acquis de l’étudiant seront démontrés par un examen avec des questions : QCM, questions ouvertes à réponse courte et questions vraie/faux.
Règles de répartition de points à l’examen : la partie de bactériologie (bactériologie, mycologie, parasitologie) représente 13 points, la partie de virologie 7 points
La matière est considérée comme acquise avec  10 point/20 (50%) mais un minimum de 40% dans la partie de bactériologie et dans la partie de virologie est requis.
Ces règles tiennent compte du quota d’heures données pour chaque branche et permettent d’éviter un boycott d’une partie du cours.
Quiz repris sur le site pour évaluation personnelle.

Le type d’évaluation choisi lors de la 1ère session d’examen peut être soumis à modification au regard du nombre d’étudiant·es inscrit·es à la seconde session

Autres infos

Au terme de ce cours l’étudiant de médecine BAC3 sera capable de:

• Nommer les principaux genres et espèces microbiennes commensaux dans les différents compartiments humains
• Décrire les éléments propres à la cellule eucaryote et procaryote, décrire la paroi bactérienne et les cibles aux antibiotiques
• Décrire les mécanismes d’action de différentes classes d’antibiotiques et leur spectre d’activité
• Décrire les mécanismes de résistance aux antibiotiques, leur implications en clinique et donner des exemples
• Expliquer par un exemple le processus d'adhésion d'une bactérie à une cellule humaine, le processus d'invasion d'un tissu, le mode de production et d'action d'une exotoxine bactérienne et le principe de pathogénicité d'une endotoxine.
• Expliquer par un exemple le principe d'un vaccin conjugué et démontrer son impact sur la population
• Nommer les principales espèces pathogènes rencontrées chez l’humain et associer celles-ci aux syndromes infectieux observés en médecine
• Décrire les sources de contamination et routes de transmission des principaux pathogènes (bactéries, parasites, champignons)
• Identifier et différencier les symptômes associés aux infections principales
• Identifier les paramètres qui conditionnent les risques infectieux liés aux soins hospitaliers et mettre en pratique les mesures principales de prévention de ces infections
• Evaluer une histoire clinique et être capable d’initier un processus de diagnostic microbiologique
• Choisir le test de laboratoire approprié pour le diagnostic d’une infection bactérienne, parasitaire et mycologique dans les différentes situations cliniques
• Interpréter un résultat d’un laboratoire de microbiologie pour les pathologies infectieuses principales (ex LCR, Urines, expectoration, LBA, hémoculture)

Expliciter pour chacun des grands syndromes infectieux rencontrés chez l'être humain les paramètres liés à l'hôte, liés aux microorganismes bactériens, mycotiques ou parasitaires (pathogénicité, épidémiologie, sensibilité) et liés à l'environnement qui conditionnent la fréquence et le degré de gravité :

• infections respiratoires supérieures (pharyngite, sinusite, otite, épiglottite, carie et abcès dentaires)
• infections respiratoires basses (pneumonie)
• infections urinaires
• infections du système nerveux central (méningite, abcès)
• Bactériémies
• infections digestives
• infections cutanées
• infections génitales
• infections transmises par les animaux

Acquis pratiques en microbiologie
Maîtriser une gamme de compétences pratiques de routine d’un laboratoire de microbiologie : mise en culture, examen direct, antibiogramme
Présentation des données de laboratoire par forme orale et écrite
Virologie
Expliquer la conséquence pratique d'éléments fondamentaux de la virologie tels que la présence d'une enveloppe ou l'existence d'une quasi-espèce
Choisir les tests de laboratoire appropriés dans différentes situations cliniques telles que la recherche d'une immunité, la détection d'une réactivation virale ou le diagnostic d'une infection aiguë
Expliquer l'implication pratique des différents types de vaccins viraux
Décrire les différentes formes de transmission des virus et en expliquer les conséquences sur leur épidémiologie
Expliquer dans les grandes lignes, le mécanisme d'action des différents antiviraux
Énumérer les indications des différents antiviraux
Indiquer le principe du mécanisme d'action des antiviraux
Décrire pour chaque virus étudié les manifestations cliniques principales
Indiquer les méthodes diagnostiques adaptées pour chaque infection virale et dans chaque circonstance pratique, comme la grossesse ou l'immunosuppression
Choisir l'échantillon approprié pour différentes circonstances diagnostiques
Acquis d’apprentissage transversaux :
Au terme du cours l’étudiant de médecine BAC3 sera capable de:

• Analyser les différents éléments d’une histoire clinique et orienter de façon rationnelle  les demandes de tests de laboratoire
• Appliquer dans la vie professionnelle les règles de la bonne pratique de prescription d’un test analytique, l’obtention d’un bon prélèvement et l’acheminement adéquat au laboratoire
• Appliquer dans la vie professionnelle la bonne communication avec le laboratoire et comprendre l’importance d’un abordage multidisciplinaire d’un problème médicale
• Appliquer dans chaque geste de la vie professionnelle les mesures de prévention de la transmission des infections
• D’interpréter un résultat d’un test de microbiologie en fonction des valeurs prédictives positives et négatives
• Gérer efficacement le travail en équipe.  Apprentissage en exécutant des tâches au sein d’un petit groupe dans les travaux pratiques au laboratoire de microbiologie.

Ressources
en ligne

Outils de communication : chat, forum, messagerie
Site web : www.virologie-uclouvain.be

Support de cours

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Faculté ou entité
en charge

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