Bioinformatique

wsbim1322  2020-2021  Bruxelles Woluwe

Bioinformatique
En raison de la crise du COVID-19, les informations ci-dessous sont susceptibles d’être modifiées, notamment celles qui concernent le mode d’enseignement (en présentiel, en distanciel ou sous un format comodal ou hybride).
3 crédits
30.0 h + 10.0 h
Q1
Enseignants
Langue
d'enseignement
Français
Préalables

Le(s) prérequis de cette Unité d’enseignement (UE) sont précisés à la fin de cette fiche, en regard des programmes/formations qui proposent cette UE.
Thèmes abordés


Ce cours de bio-informatique approfondira les compétences acquises dans le cours d'introduction à la bio-informatique WSBIM1207. En particulier, des notions plus avancées de programmation et d'analyse et de visualisation de données seront présentées ainsi que des outils pour l'analyses de données par lots (batch processing) et sur serveurs de calculs. Des bases de design expérimental seront également introduites.
Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unité d’enseignement, l’étudiant est capable de :

1 A l'issue de ce cours, les étudiants
·         Auront acquis les fondements de designs expérimentaux.
·         Auront approfondis leurs compétences en programmations sous R.
·         Auront acquis une vue d'ensemble de langages de programmation couramment utilisés en bio-informatique.
·         Auront approfondis leurs compétences en analyses de données.
·         Se seront familiarisés avec des techniques de transformation et visualisation de donnée plus avancées.
·         Seront en mesure de lancer des analyses en ligne de commande shell sous systèmes UNIX.
 
Contenu
Ce cours de bioinformatique abordera les thèmes suivants :  
  • Approfondissement de notions de programmation en R.  
  • Designs expérimentaux utilisé en analyses omiques.  
  • Transformation et visualisation de données omiques.  
  • Analyse et exploration de données multivariées.  
Méthodes d'enseignement

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Le cours sera dispensé sous forme de travaux pratiques, au cours desquels les étudiants seront amenés à réaliser des exercices de programmation, en utilisant le langage de programmation R et l'environnement de programmation RStudio.  
La présence des étudiants à l'ensemble des cours (volumes 1 et 2) est obligatoire. Les présences seront comptabilisées. En case de trois absences non justifiées, l'étudiant(e) pourra se voir refuser la participation aux examens de fin de cours.  
Modes d'évaluation
des acquis des étudiants

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Évaluation continue: les étudiant(e)s seront interrogé(e)s tout au long du cours. Ceux et celles obtenant une moyenne supérieure ou égale à 12 pourront être dispensé(e)s de l'examen final.
L'examen se fera sur ordinateur ; les étudiants prépareront un rapport reproductible en Rmd sous RStudio, répondant à des exercices et préparant des analyses de petites tailles tels que présentés et pratiqués durant le cours. Les cotes des interrogations n'entreront plus en compte en cas de présentation de l'examen.
Ressources
en ligne
Le cours est accessible en ligne: https://uclouvain-cbio.github.io/WSBIM1322/
Support de cours
  • Cours en ligne et informations complémentaires sur moodle. Obligatoires.
Faculté ou entité
en charge


Programmes / formations proposant cette unité d'enseignement (UE)

Intitulé du programme
Sigle
Crédits
Prérequis
Acquis
d'apprentissage
Bachelier en sciences biomédicales

Approfondissement en sciences biomédicales