Biotechnologies: omics

Langue
d'enseignement

Français

Préalables

• Biologie moléculaire
• Biochimie
• Visualisation des données
• Statistiques

Thèmes abordés

Ce cours abordera les différentes techniques d’analyse biologique qui génèrent des données à haut débit (techniques dites ”omics”), telles que: séquençage de l’ADN et de l’ARN, protéomique, métabolomique... (liste non exhaustive qui sera adaptée en fonction de l’évolution rapide de ce domaine).
Pour chaque méthode, le cours introduira:

• • Le principe de fonctionnement de chaque méthode (séquençage, spectrométrie de masse, etc)
    
  • L’analyse, le traitement et la normalisation des données brutes
    
  • L’interprétation et la visualisation des données.
    
  • Les biais et pièges liés à ces techniques (problèmes de variabilité technique et biologique, reproductibilité, design expérimental).
    

Les méthodes génériques d’analyse des données biologiques seront également abordées (clustering, enrichissement, ontologies...), en lien avec le cours d’analyse de données et les cours de statistiques.
Enfin, le cours inclura une introduction aux banques de données exploitables dans ce domaine (TCGA, GEO, Encode etc).

Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unité d’enseignement, l’étudiant est capable de :

Comprendre le principe de fonctionnement des méthodes omics Comprendre les concepts et principes de l’analyse des données omics Analyser des données omics simple Comprendre et critiquer une publication présentant des données omics

Contenu

1. Introduction
2. Séquençage de l’ADN (genomics)
Principe et technologies disponibles
Génome, exome, panel
Analyse des données brutes (alignement, génome de référence, construction d‘un nouveau génome, appel de variants, controles de qualité...)
Interprétation
3. Séquençage de l’ARN (transtriptomics)
Principe et technologies
Analyse de l’expression des gènes
Variants, fusions, nouveaux transcrits
“ Single cell sequencing”
4. Protéomique
Spectrométrie de masse, principe et technologies
Analyse des données (identification de peptides et des protéines, quantification)
Interprétation des données
5. Métabolomique
6. Autres techniques à haut débit
Cytométrie de flux
Microscopie
7. Exploitation de banques de données et d’outils d’interprétation des résultats

Faculté ou entité
en charge

EPL