La CD3S privilégie les actions qui ont un impact optimal et durable sur le plan de la santé des populations, sans distinction de sexe, de race, de religion, de fortune, ou d'appartenance politique. Pour cela, elle soutient notamment les actions visant la formation ou le perfectionnement dans les domaines clinique, pédagogique et de recherche en vue de former les cadres dans les universités du Sud, professionnels de la santé, et en priorité les futurs enseignants qui s'investiront dans leur pays d'origine.
Elle privilégie les demandes émanant directement de partenaires du Sud, avant d'accorder son attention aux initiatives belges. Elle vise à intégrer ses actions dans un cadre institutionnel au Sud en collaboration avec les autorités locales. Elle privilégiera les collaborations dans les pays ciblés par la coopération belge au sens large (coopération officielle, coopération ONG). Elle appuie les projets développés directement avec un investissement personnel des membres du secteur. Elle soutient le réel partenariat qui montre un esprit de compréhension mutuelle, soutient et accompagne les promoteurs pour des projets à long terme.
Sur le plan humain, la priorité est donnée à la formation et au soutien d'équipes fonctionnelles plutôt que d'individus isolés.
La Commission a aussi pour objectif de contribuer à ouvrir l’ensemble des membres du secteur médecins, dentistes, pharmaciens, kinésithérapeutes, praticiens de l'art infirmier belges et particulièrement les enseignants, aux problèmes rencontrés par leurs collègues pratiquant dans des pays moins favorisés. Dans cet esprit, elle favorise la participation d'étudiants à des stages dans ces pays, dans un esprit d'ouverture et d'apprentissage. Elle désire accroître la visibilité et la reconnaissance académique des actions entreprises dans ces pays par les membres du corps enseignant, à tout niveau de leur carrière. Les actions médicales ponctuelles de type humanitaire ne sont pas une priorité de la Commission. Elle reconnaît cependant que de telles actions peuvent avoir une réelle valeur didactique si elles sont préparées dans cette optique avec les équipes locales