Le programme se déroule sur deux années (dont une peut être accomplie au cours de la formation supérieure en gastro-entérologie).
Il est composé de stages, d’activités en hôpital (jour, garde, endoscopie, consultations multidisciplinaires) sous la supervision de médecins spécialistes du cadre permanent des cliniques Saint-Luc.
Il comporte également plusieurs séminaires d’oncologie digestive dont le programme est organisé chaque année.
Enfin, la formation est complétée par la rédaction d’un mémoire et le développement de travaux de recherche avec publication.