Diplômé en philologie (ULg), philosophie (UCL) et théologie (IET), c’est en philosophie – à l'Université de Louvain-la-Neuve – que Jean Leclercq a mené ses recherches doctorales, aboutissant en 2002 à une thèse intitulée La logique de la vie. Lectures du « jeune » Maurice Blondel (1881-1893).
Il s’agit d’une étude des philosophies de l’action, au tournant des 19e et 20esiècles, tentant de situer l’originalité - mais aussi les limites - du geste blondélien.
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Professeur de philosophie à la Faculté de Philosophie, Arts et Lettres, chercheur à l’Institut Supérieur de Philosophie (ISP) depuis 2004 et à l’Institut de recherche en Religions, Spiritualités, Cultures et Sociétés (RSCS) depuis 2008, ses travaux et ses recherches portent sur la philosophie d’expression française, du XIXesiècle à nos jours, sur l’histoire de la philosophie, sur la philosophie de la religion, sur l’histoire des idées, notamment la citoyenneté et la laïcité, et naturellement sur les rapports épistémologiques entre les trois disciplines étudiées.
Jean Leclercq assure également une série d’enseignements dans le cadre du Master (SREL) - et de l’École doctorale interdisciplinaire - en sciences des religions (EDOREL).
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Il est Président du « Groupe de contact » du Fonds National de la Recherche Scientifique (FRS-FNRS) « Penser le religieux en Europe ».
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Il est Président du « Comité de gestion » de la Plate-forme technologique des « Fonds Alpha » (Arts, Littérature et Philosophie) à l’UCL (Fonds Henry, Blondel, Bauchau et Ladrière).
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Depuis 2006 (Congrès de Budapest), Jean Leclercq est Secrétaire général de l’Association des Sociétés de Philosophie de Langue Française (ASPLF).
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Le 5 mars 2018, il a été élu membre titulaire de la Classe des Lettres et des Sciences morales et politiques de l’Académie Royale de Belgique et il a été reçu au Palais des Académies le 2 juin 2018.
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Depuis le 1er mai 2020, il est Administrateur délégué du Collège Belgique, organe de diffusion des savoirs, placé sous l’égide de l’Académie royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts, qui a associé à son projet les Académies de Médecine, et de Langue et Littérature françaises, sous le parrainage du Collège de France.