Le programme est constitué d'un tronc commun (74 crédits), d'une finalité (30 crédits) et d'une option (16 crédits).
Le tronc commun est constitué de cours théoriques, de travaux pratiques, de stages et de la rédaction d'un mémoire.
L'étudiant choisit une finalité :
- soit la finalité spécialisée, qui constitue la formation destinée à la pratique professionnelle pharmaceutique,
- soit la finalité approfondie qui est une formation théorique et pratique à la recherche en sciences pharmaceutiques.
Les deux finalités conduisent à l'obtention du titre de pharmacien.
L'étudiant complète son programme par une option parmi les cinq suivantes :
- délivrance et suivi pharmaceutique : typiquement orientée vers la formation à la pharmacie officinale, cette option permet d'approfondir les connaissances en tant que pharmacien-conseil du bon usage du médicament, que ce soit au domicile du patient ou en milieu hospitalier.
- innovation et conception du médicament : en envisageant les premiers stades de développement du médicament, depuis sa découverte jusqu'aux étapes de recherche préclinique, cette option met l'accent sur la conception des futurs nouveaux médicaments dans les laboratoires de recherche.
- production, contrôle et réglementation : cette option regroupe les cours en rapport immédiat avec les activités spécifiques des pharmaciens dans l'industrie.
- biopharmacie et pharmacotoxicologie : au travers d'une formation complémentaire en pharmacocinétique et toxicologie, cette option vise à mieux connaitre le destin du médicament dans l'organisme, ainsi qu'à mieux en comprendre l'éventuelle toxicité.
- recherches en sciences pharmaceutiques : réservée aux étudiants en finalité approfondie, cette option comprend un enseignement spécifique en biostatistique ainsi qu'un large éventail de cours au choix permettant d'approfondir certains domaines des sciences pharmaceutiques en rapport direct avec le projet de recherche.
Pour un programme-type, ce master totalisera, quels que soient la finalité, les options et/ou les cours au choix sélectionnés un minimum de 120 crédits répartis sur deux blocs annuels correspondant à 60 crédits chacun.