Analyse d'images

La digitalisation de coupes tissulaires a ouvert la voie à l'automatisation des analyses d'images.

2IP propose un support pour l'analyse d'images avec les logiciels suivants:

 

• 2D scans 

► QuPath 

logiciel gratuit open source, facile d'utilisation

compatible avec les formats .scn, .czi and .mrxs

compatible avec des scans en fond clair, fluorescence (max 3 couleurs pour les fichiers .mrxs) et lumière polarisée

exemples d'application: surface marquée PSR, comptage cellulaire,...
 

Lien de téléchargement

Guide rapide d'utilisation 2IP (en français)

Guide complet

plus d'infos ici et sur la chaîne Youtube de Pete Bankhead

 

Merci de citer cet article dans vos publications: Bankhead, P. et al. (2017). QuPath: Open source software for digital pathology image analysis. Scientific Reports. https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5

 

►  Author (Visiopharm)  

2 licences disponibles localement à 2IP

compatible avec les formats .scn, .czi et .mrxs

compatible avec des scans en fond clair, fluorescence (y compris multiplex) et lumière polarisée

alignement de scans possible

exemples d'application: cellules immunitaires infiltrant les tumeurs

densité régionale de fibrose

hypertrophie cellulaire

► Halo (Indica Labs)      

1 licence disponible localement à 2IP (+ 2 licences disponibles à DDUV)

compatible avec les formats .scn, .czi et .mrxs

compatible avec des scans en fond clair, fluorescence (y compris multiplex) et lumière polarisée

alignement de scans possible

intelligence artificielle

exemples d'application: cellules immunitaires infiltrant les tumeurs, ...

 

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• Images (.tiff preferably)

► ImageJ/Fiji 

ImageJ est un logiciel gratuit, développé par le NIH, basé sur le langage JAVA, largement utilisé par la communauté scientifique. De nombreux "plug-in" et macros sont disponibles et permettent d'effectuer des opérations sur mesure.

Lien de téléchargement ImageJ or Fiji

exemples d'application: comptage cellulaire

densité de fibres de collagène (PSR en lumière polarisée)

    

distance entre lysosomes et noyaux

► ZEN blue 

1 licence disponible localement à 2IP

modules colocalization, dynamic, spectral unmixing, FRET, FRAP 

 

► QuPath 

voir ci-dessus

► Author (Visiopharm) 

voir ci-dessus

► Halo (Indica Labs) 

voir ci-dessus

 

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• 3D scans

 

► Imaris (Bitplane) 

1 licence disponible localement à 2IP

tutoriels utiles: Imaris Learning Path (oxinst.com)

► Vision4D (Arivis) 

                               1 licence disponible localement à 2IP