Les enseignants de l'Ecole de mathématique privilégient en toute occasion possible un enseignement de proximité : travail encadré en petits groupes, monitorat individuel, feedback rapide et personnalisé des activités, participation active des étudiants aux choix pédagogiques de l'Ecole. Tous les cours du programme contribuent à acquérir les connaissances disciplinaires et des compétences telles que la capacité d'abstraction et de raisonnement. D'autres compétences (l'aptitude à la communication, l'autonomie dans l'apprentissage, la recherche documentaire) sont spécialement travaillées dans le travail de synthèse en bloc 3.
En premier bloc annuel, les monitorats permettent aux étudiants qui le souhaitent de faire le point de façon personnalisée avec l'aide des enseignants sur les matières vues aux cours. Des séances sont aussi organisées par la Faculté autour des questions de méthode de travail comme la manière d'aborder les différentes matières et la gestion du temps. Un cours est précent dans le 1e bloc annuel pour soutenir les étudiants dans l'acquisition des compétences méthodologiques nécessaire à la mise en oeuvre d'une démarche mathématique de qualité.
Tout au long du parcours, les séances d'exercices sont organisées en petits groupes et sont encadrées par des assistants. Des travaux personnels et/ou de groupe sont prévus pour certaines activités, notamment le travail de synthèse de fin de cycle et sont encadrés par des assistants ou des enseignants.
Des sites internet (plateforme Moodle) sont associés à la plupart des cours : des informations utiles y sont déposées, ainsi que les syllabi et d'autres documents indispensables au travail de l'étudiant.