Jean-Marie Auwers a une double formation: exégèse de l'Ancien Testament et patrologie avec, dans l'un et l'autre cas, un fort ancrage philologique. Ayant appris de Pierre Bogaert que "la monoculture appauvrit les sols", il s'efforce de se tenir au carrefour de ces deux disciplines ou, pour prendre une autre image, de jeter un pont entre l'exégèse vétéro-testamentaire et la patristique. De 2003 à 2007, il a, avec ses collègues Jean-Pierre Delville et André Wénin et avec le soutien du Fonds de la Recherche Fondamentale Collective (asssocié au FNRS), mené à bien un projet de recherche dont le but était d'amorcer un dialogue entre biblistes et historiens autour du Cantique des cantiques.
Dans le domaine de l'exégèse de l'Ancien Testament, il a été l'un des pionniers de l'étude du Psautier comme ensemble organisé, et sa monographie La composition littéraire du Psautier a été saluée comme "an invaluable handbook for the study of the Psalter" (J. Kselman, CBQ 65, 2003, p. 253). En 2001, il a présidé, avec Henk Jan de Jonge (Leiden), la 50e session du Colloquium Biblicum Lovaniense, consacrée aux canons de l'Ancien et du Nouveau Testament. Il a également réalisé un nombre limité de travaux de vulgarisation, comme un guide des traductions françaises de la Bible (La Bible en français, 1999; 2e éd. en 2002).
Dans le domaine de la critique textuelle des livres bibliques, il a, entre autres, édité avec Roger Gryson les anciennes versions latines du livre d'Isaïe et est en charge de l'édition de la vetus latina du livre de Tobie. Il est également un collaborateur actif au sein du groupe de recherches "La Bible d'Alexandrie" fondé par Marguerite Harl, qui publie, livre par livre, une traduction française annotée de la Septante. En 2019, il a publié dans cette collection le volume consacré au Cantique des cantiques.
Depuis quelques années, il s'est orienté vers l'édition de textes patristiques en publiant l'Epitomé sur le Cantique des cantiques de Procope de Gaza (CCSG 67, 2011) qu'accompagne une monographie intitulée L'interprétation du Cantique des cantiques à travers les chaînes exégétiques grecques (IPM 56, 2011).
Il est actuellement investi dans les chantiers suivants:
- la chaîne de Polychronios et la chaîne dite d'Eusèbe sur le Cantique des cantiques;
- le Cantique des cantiques dans le cadre du projet La Bible en ses Traditions (BEST);
- la traduction de l'Epitomé sur le Cantique des cantiques de Procope de Gaza (pour la collection Sources chrétiennes);
- l'édition de l'ancienne version latine du livre de Tobie (pour la collection Vetus Latina);
- une nouvelle édition du Commentaire sur le Cantique des cantiques de Philon de Carpasia.
Il prépare à plus long terme
- une édition bilingue (latin-français) des sermons de Pierre Chrysologue (pour la collection Sources chrétiennes)