L’alternance entre formation scientifique et formation aux pratiques des activités physiques et sportives est fortement spécifique à la formation en éducation physique. Les activités d’apprentissage recourent dès lors à un faisceau de méthodes pédagogiques allant de l’approche purement théorique individuelle à la construction de savoirs et de savoir-faire en équipe en mettant l'accent sur l'interdisciplinarité et l'innovation par les nouvelles technologies. La formation de bachelier en éducation physique fait ainsi de l’étudiant un acteur de sa formation et un co-acteur de la formation de ses pairs en respectant l'éthique et la déontologie de sa discipline.
Les cours pratiques dans les domaines de l'éducation physique et des sports promeuvent la construction de savoir-faire personnels dans les différentes disciplines de l’éducation physique et sportive. Cet objectif est atteint par l’interaction entre l’étudiant, les experts scientifiques et de terrain qui l’encadrent dans cette partie de la formation et les savoirs développés dans les différentes disciplines scientifiques du programme. Le recours à des experts de terrain garantit l’adéquation des acquis attendus de l’apprentissage aux attentes actualisées de la société, dans le domaine de l’éducation physique.
Les cours magistraux en sciences de la motricité visent plus particulièrement à développer les connaissances et compétences spécifiques sur lesquels les savoir-faire développés dans la formation pratique se basent.
Le recours au tutorat, au monitorat et aux travaux pratiques constitue un atout majeur de la formation donnée dans les cours magistraux liés aux sciences exactes, biomédicales et humaines. Les savoirs dont sont porteurs ces cours s’appuient de la sorte sur une démarche scientifique concrète et à la pointe de la recherche.