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Equipements
Procédures pré-analytiques
- Extracteur automatique : BioRobot EZ1 Workstation (Qiagen)
- Dosage des acides nucléiques :
- Spectrophotomètrie à microvolume UV-Vis : Nanodrop ND1000 (Nanodrop)
- Fluorimétrie : Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen, life technologies)
- QC (ADN, ARN, protéines) : Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Microarrays
- Station d’hybridation et Four à hybridation :
- GeneChip Fluidics Station 450 (Affymetrix)
- GeneChip Hybridization oven 640 (Affymetrix)
- Hybridization oven G2545A (Agilent)
PCR quantitatives
- Conventional PCR
- Quantitative PCR (qPCR)
- CFX
- MIC-4
Séquençage
- Séquenceur Sanger
- Pyroséquenceur PSQ96 system (Qiagen)
Séquençage haut débit
- Séquenceur NGS NextSeq 1000 (located at the IREC-MBLG)
- Séquenceur MinION
Services
Microarray facilities
- Support à l’élaboration du plan d’expériences microarrays (basse/haute densité)
- Développement de microarrays de basse densité (ADN ou proteines) sur différents types de supports (lames, membranes, circuits électroniques…)
- Réalisation d’expériences microarrays depuis les étapes pré-analytiques jusqu’à l’acquisition d’images et ceci pour tous les types de microdamiers disponibles sur les marché (Affymetrix, Agilent, PamGene, ClinEuroDiag…)
- Analyse biostatistique des données microarrays (génomique, expression…)
Analyse d’expression génique par PCR quantitative
- Design de primer, de sondes et réalisation d’expérience d’expression génique par PCR quantitative.
- Determination des HKG optimals
- Analyse biostatistique (quantification absolue et relative)
Séquençage
- Séquençage/pyroséquençage d’ADN
- Traitement du signal et analyse biostatistique (alignement de séquences…)
Séquençage haut débit
- Séquençage NGS