Axe Bactériologie : Groupe de recherche Ahalieyah Anantharajah et Michel Delmée (CNR Clostridioides difficile)

Michel Delmée et son groupe ont développé l’essentiel de leur recherche dans l’étude de l’épidémiologie des infections à Clostridioides difficile en milieu hospitalier. Cette bactérie Gram positif anérobie sporulée est la cause principale des diarrhées survenant au décours d'une antibiothérapie, avec un spectre clinique allant de la diarrhée banale à la colite pseudomembraneuse parfois mortelle. On estime qu'elle est responsable de 10 à 25 % des cas de diarrhées associées aux antibiotiques et de quasiment tous les cas de colites pseudomembraneuses.
Le développement et l’évaluation de nouvelles approches diagnostiques d’une part et le développement de techniques de typage appliquées dans des programmes de surveillance épidémiologique d’autre part ont constitué les deux axes majeurs de recherche depuis la découverte du rôle pathogène de cette bactérie à la fin des années septante.
Depuis 2011, le laboratoire a été désigné Centre National de Référence. A ce titre il organise avec Sciensano un programme national de surveillance auquel peuvent participer tous les hôpitaux belges. La technique de sérogroupage de C. difficile fut en 1985 une des premières à être décrite et fut utilisée dans de nombreux programmes épidémiologiques internationaux. Depuis une quinzaine d’années les techniques de biologie moléculaire ont supplanté les autres approches. Actuellement, les isolats cliniques sont caractérisés par la technique de PCR-ribotypage. Cette dernière technique est considérée en Europe comme la méthode de référence. Un travail constant d'harmonisation de la nomenclature est réalisé en collaboration avec différentes équipes européennes afin de permettre la comparaison de souches à une échelle internationale. Au CNR, plus de six cents profils différents ont déjà été identifiés.
Parallèlement une caractérisation des principaux facteurs de virulence produits par C. difficile est réalisée. En effet, depuis le début des années 2000, les infections ont pris une autre dimension surtout avec l'apparition de nouvelles souches plus virulentes. Ces souches de type 027/NAP1/BI ont été associées à des épidémies sévères avec de forts taux de mortalité. En effet, elles produisent des quantités de toxines A et B beaucoup plus importantes que les souches habituelles de C. difficile et sécrètent la toxine binaire. L'hyperproduction de toxines A et B serait liée à des délétions au niveau du gène régulateur tcdC, entraînant un décalage du cadre de lecture et une protéine TcdC tronquée. De plus, les souches épidémiques NAP1/027 sont résistantes à de nombreux antibiotiques, notamment aux fluoroquinolones, ce qui a pu leur conférer un avantage sélectif.
Une surveillance continue est nécessaire pour connaître l'épidémiologie des isolats de Clostridioides difficile circulant en Belgique ainsi que pour surveiller l'émergence de souches hypervirulentes et/ou résistantes. Le CNR participe également à plusieurs programmes européens coordonnés pour l'ECDC.
En plus de la surveillance, le CNR a pour mission d'aider les laboratoires cliniques demandeurs dans le diagnostic de C. difficile toxinogène, dans l'implémentation de nouveaux outils et dans l'investigation d'épidémie ou de rechute d'infection à C. difficile chez un même patient. Les isolats peuvent être analysés par MLVA (MultiLocus Variable number tandem repeat Analysis) qui permet de différencier les souches au sein d'un même ribotype.
Actuellement, le CNR implémente des approches génomiques telles que le WGS (Whole genome Sequencing), en vue d'une part d'une meilleure compréhension de le virulence de certains isolats cliniques et d'autre part pour l'investigation des liens de clonalité de cas groupés.