Demandes spécifiques : cas isolés et risques d'épidémies

MBLG

Quelles analyses effectuons-nous ?

1) Génotypage : test moléculaire, à partir d'une souche, pour l'identification de C. difficile et pour la détermination de ses principaux facteurs de virulence permettant de différencier les souches non pathogènes, virulentes et hypervirulentes telles que 027

Caractéristiques mesurées
- Identification C. difficile : Gène tpi
- Détection des facteurs de virulence :
Toxine A : gène tcdA
Toxine B : gène tcdB
Toxine binaire : gènes cdtA/cdtB
Délétions caractéristiques du gène tcdC : 18pb, 39bp, 117
Résistance à la Moxifloxacine : mutation du gène gyrA

  • Kit GenoTypeCDiff (Hain Lifscience)

Conformité de l'échantillon
Souche bactérienne (culture pure)

Milieux recommandés :

  • Gélose profonde
  • Boîte au sang sous sachet de type Anaerogen, Compact (Oxoid), Anaerocult p (Merck) ou système similaire
  • Milieux préréduits
  • Thioglycolate ou tubes genre "port a cult"

Formulaires de demande
- FO(CLIN)17 Hors surveillance
- FO(CLIN)18 Buiten surveillance

Délai de réponse
2 mois (en fonction du protocole d'étude)

 

2) MLVA : MultiLocus Variable number tandem repeat Analysis. Cette technique est appliquée en cas d'épidémie hospitalière ou pour suivre les ribotypes les plus répandus en Belgique.

C'est une technique de typage des souches de Clostridioides difficile différente de celle obtenue par ribotypage, ce qui permet de distinguer des clones au sein d'un même ribotype. Elle est basée sur l'existence sur le chromosome de C. difficile d'une série de séquences d'ADN répétées. En tandem ces séquences répétées se retrouvent sur de nombreuses régions du génome appelées "loci". Plusieurs de ces "loci" (6), choisis pour leur pouvoir discriminant, sont amplifiés et les tailles des amplicons sont mesurées par électrophorèse capillaire. Lorsque la longueur d'un élément répétitif est connue, on peut calculer le nombre de répétitions. Ceci peut se faire via un logiciel (BioNumerics) qui permet également d'analyser et de visualiser les données sous forme d'un dendrogramme ou sous forme de "Minimum Spanning Tree" (MST).

Caractéristiques mesurées

  • Méthode maison (sur ABI3500)

Conformité de l'échantillon
Souche bactérienne (culture pure).
En cas de suspicion d'épidémie ou de résultats discordants, les selles ou souches de patients peuvent être envoyées au CNR après avoir pris contact avec le laboratoire. Les selles doivent être gardées à 4°C les premières 72 h et au delà congelées à -20°C. La souche doit être en culture pure. Elle doit être fraîchement ensemencée sur un milieu approprié.

Milieux recommandés :

  • Gélose profonde
  • Boîte au sang sous sachet de type Anaerogen, Compact (Oxoid), Anaerocult p (Merck) ou système similaire
  • Milieux préréduits
  • Thioglycolate ou tubes genre "port a cult"

Formulaires de demande
- FO(CLIN)17 Hors surveillance​​​​​​​
- FO(CLIN)18 Buiten surveillance

Délai de réponse
2 mois (en fonction du protocole d'étude)