Quelle analyse effectuons-nous ?
Ribotypage
Dans le contexte d'incidence croissante des infections à C. difficile (CDI) et de l'émergence de souches hypervirulentes, Sciensano organise une surveillance nationale afin de déterminer l'incidence de base des CDIs dans notre pays.
Depuis 2015, la participation spécifique à ce protocole n'est plus obligatoire. Il y a cependant obligation de participer à au moins un des quatre programmes de surveillance suivants : infections à C. diffcile, entérocoques résistants à la vancomycine, pneumonies et bactériémies dans les unités de soins intensifs, infections du site opératoire.
Critères pour effectuer ce test dans les activités de référence
Les souches isolées de 5 (maximum) patients consécutifs, recueillies pendant la période de surveillance, seront envoyées au laboratoire de référence, accompagnées d'un print-out de l'encodage du cas (formulaire d'enregistrement) dans le système de surveillance épidémiologique (ceci afin de disposer du code unique pour le laboratoire de référence attribué automatiquement lors de l'encodage). Il n'est pas nécessaire que l'enregistrement du cas soit complet (par exemple, on peut demander le typage avant de connaître l'évolution du patient), mais le formulaire doit comprendre obligatoirement le code laboratoire, le code patient unique, le code automatique et le numéro NISS.
Description du test
La technique de ribotypage est basée sur l'existence chez les bactéries de plusieurs opérons de l'ARN ribosomial. Ceux-ci codent les gènes 16S-23S-5S. Les gènes 16S et 23S sont séparés par une région intergénique (non codante) de taille variable. La technique du ribotypage consiste à amplifier par PCR ces régions intergéniques qui varient donc en nombre et en longueur. Les amorces choisies permettent une amplification depuis un segment du gène 16S jusqu'à un autre du gène 23S. Les amplicons obtenus sont analysés par électrophorèse capillaire sur un séquençeur. Un travail constant d'harmonisation de la nomenclature est réalisé en collaboration avec différentes équipes européennes. Dans notre centre de référence, plus de six cents profils différents ont déjà été identifiés. Lorsque la nomenclature européenne (correspondance Brazier) est utilisée le ribotype est indiqué avec le préfixe "UE" tandis que les autres ribotypes ont le préfixe "UCL".
Conformité de l'échantillon
Souche bactérienne (culture pure) ou selles
Milieux recommandés :
- Gélose profonde
- Boîte au sang sous sachet de type Anaerogen, Compact (Oxoid), Anaerocult p (Merck) ou système similaire
- Milieux préréduits
- Thioglycolate ou tubes genre "port a cult"
Instructions pour le transport
Le transport se fait de préférence dans des conditions d'anaérobiose. Transport à température ambiante si l'échantillon arrive au laboratoire dans les 6 heures qui suivent le prélèvement ou réfrigéré dans un délai inférieur à 72 heures (dépassé ce délai, les selles peuvent être congelées à -20°C).
Surveillance nationale
Enregistrement sur HealthData, se référer au site de Sciensano :
- version_FR
- version_NL
Formulaires de demande
- FO(CLIN)11 Dans le cadre de la surveillance
- FO(CLIN)12 In het kader van de surveillance
Délai de réponse
42 jours