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Covid: d’un virus à bouton-pression au variant à scratch!

A l’heure de la question de la troisième dose de vaccin pour tous, des recherches réalisées grâce à un microscope à force atomique démontrent des liaisons plus stables - et donc plus compliquées à défaire - des variants du SARS-CoV 2 avec les récepteurs de nos cellules. Combiné avec la perte d’affinité de certains anticorps pour la protéine spike des variants, ces résultats sont l’occasion de mettre sur la table la question de l’adaptation du vaccin aux variants plutôt que d’une troisième dose du vaccin existant.

C’est le fameux microscope à force atomique, une bombe en terme d’équipement de pointe pour étudier notamment les liaisons entre virus et cellules vivantes, qui a permis d’observer cela à l’UCLouvain. Les variants, notamment le variant Kappa proche cousin du Delta, adoptent une nouvelle stratégie pour se lier de manière plus efficace aux cellules qu’ils souhaitent envahir. Plutôt que d’augmenter la force de leur liaison à un endroit précis de nos récepteurs ACE2 - porte d’entrée principale du coronavirus dans nos cellules, ils multiplient les petites liaisons sur une plus grande surface. Résultat : la liaison « globale » du variant aux cellules est plus stable. « D’un point de vue évolutif, c’est une stratégie qui a tout son sens puisque ces virus sont soumis à de nombreux flux au niveau de l’épithélium respiratoire, le tissu qui recouvre la surface des voies respiratoires », explique David Alsteens, Chercheur Qualifié FNRS et Investigateur WELBIO au Louvain Institute of Biomolecular Science and Technology qui a dirigé ces recherches publiées dans Nature Communications.

De Alpha à Kappa : du bouton-pression au scratch

C’est un peu comme si la souche originale du SARS –CoV 2 se liait à nos cellules au moyen d’un bouton de pression et que les variants, eux, ont plutôt opté pour un système de scratch où chaque petite liaison n’est pas aussi forte que celle du bouton de pression mais, ensemble, toutes ces petites liaisons engendrent une interaction très stable des variants avec nos cellules. « Nous avons travaillé avec différents variants dont le Kappa qui, au moment des manipulations effectuées pour cette recherche, était le nouveau variant en provenance d’Inde. On peut supposer que le variant Delta se comporte de manière très similaire ».
L’équipe de David Alsteens a également testé l’affinité et la liaison des deux types d’anticorps produits lors d’une exposition à la souche originale du virus ou au vaccin. Sur ces deux anticorps, un permettait toujours de bloquer la liaison de la protéine spike du variant Kappa sur le récepteur ACE2 tandis que l’autre n’avait plus d’effet sur cette liaison.

Modifier les vaccins ?

Ces recherches ont permis de visualiser et mesurer concrètement comment les mutations modifient les interactions entre le virus et nos cellules. Elles permettent aussi d’introduire une question qui ne semble pas être sur la table pour le moment : qu’en-est-il de l’adaptation des vaccins aux nouveaux variants ? Au moment de la mise sur le marché des vaccins, et notamment des vaccins à ARNm, les firmes pharmaceutiques déclaraient qu’un des grands avantages de ces vaccins était d’être facilement modulables pour rester efficaces contre de nouveaux variants. Un délai de six semaines pour un vaccin adapté avait été avancé. Le variant Delta circulant depuis plusieurs mois et la question d’une troisième dose de vaccin pour tous ayant été tranchée au Codeco ce 17 novembre, la réponse à cette question pourrait en intéresser plus d’un !

capture alsteens

En savoir plus sur les recherches de l’équipe de David Alsteens sur le coronavirus :

Vidéo et article David Alsteens et Coronavirus 2 avril 2020

En savoir plus sur les recherches de David Alsteens :

Vidéo animation sur les recherches de David Alsteens (EN) :

Vidéo visage recherche

Publié le 30 novembre 2021