Le cursus doctoral, conduisant au grade académique de docteur, comporte au minimum 180 crédits. Il a deux composantes :
1- une formation scientifique assurée par l’école doctorale, dite "formation doctorale", consistant en séminaires, colloques, communications scientifiques, comptes rendus critiques, accompagnement didactique et scientifique, séjour à l'étranger, co-organisation d'un colloque ; la formation aboutit à la délivrance d'un certificat de formation à la recherche (60 crédits)
2- l’élaboration d’une thèse de doctorat manifestant chez le candidat les capacités de créativité, de conduite de recherches scientifiques et de diffusion des résultats (120 crédits).
Le cursus doctoral se déploie en quatre étapes
1- L’admission soumise à l’avis de la CDT (Commission doctorale du domaine Théologie) sur la base du dossier académique du candidat et de son projet de recherche ; si la CDT juge le candidat admissible, elle autorise son inscription au doctorat auprès des services administratifs de l’UCLouvain. Dans le cas où le candidat n’a pas achevé son master ou n’est pas en mesure d’élaborer valablement un projet de recherche et de formation doctorale, la CDT peut autoriser, au vu du dossier académique du candidat et après avis de son instance universitaire actuelle, la pré-admission au doctorat, en particulier lorsque celle-ci est requise à l’accomplissement de formalités administratives (permis de séjour pour les étudiants étrangers). Les conditions nécessaires à l’admission au doctorat seront ensuite réunies dès que possible.
2- L’épreuve de confirmation : elle intervient généralement après la première année du cursus et permet au comité d’accompagnement de vérifier qu'au vu de leur avancement, les travaux de recherche sont bien de nature à aboutir à la présentation d’une thèse de doctorat ; le candidat soumet un rapport écrit et fait une présentation orale devant son comité d’accompagnement, qui en rend compte à la CDT ; en fonction de ce rapport, celle-ci autorise ou non la poursuite du doctorat.
3- La défense privée au cours de laquelle le jury examine le texte de la thèse et discute avec le candidat les résultats de sa recherche ; le jury se prononce sur la recevabilité de la thèse, valide les 60 crédits de la formation doctorale et transmet le résultat de sa délibération à la CDT ; la thèse est soit jugée recevable, soit jugée recevable avec des modifications ne pouvant excéder trois mois de travail à temps plein, soit jugée irrecevable, ce qui implique l’organisation d’une nouvelle défense privée.
4- La soutenance publique : le candidat présente sa dissertation doctorale en séance publique ; dans son exposé oral, il souligne les qualités et l’originalité de ses travaux et manifeste ses capacités de vulgarisation scientifique ; le jury discute ensuite avec le candidat ; après délibération du jury, son président proclame le résultat et le nouveau docteur est invité à signer son diplôme séance tenante.