Les centres rassemblent des chercheurs (professeurs, personnel scientifique, doctorants) sur base de projets à long terme ; ceux-ci se concrétisent dans différents colloques ou rencontres, qui débouchent sur des publications exhaustives. Certains Centres, dits affectés, (en gras) ont leur ancrage principal en RSCS. D'autres ont leur attache principale dans un autre institut mais sont associés à RSCS ("centres affiliés" en italique) pour la part significative que leurs recherches consacrent au religieux.
- Centre de recherche en théologie pratique (CUTP)
- Centre de recherche sur éducation et religions (CRER)
- Centre d'histoire des religions (CHIR)
- Centre Vincent Lebbe (CVL)
- Centre de recherche sur l'imaginaire (CRI) (INCAL)
- Centre interdisciplinaire d'études de l'Islam dans le monde contemporain (CISMOC) (IACCHOS)
- Groupe d'analyse culturelle de la première modernité (GEMCA) (INCAL)
- Laboratoire d'anthropologie prospective (LAAP) (IACCHOS)
- PsyReli - Centre de psychologie de la religion (IPSY)
Et on trouve traces ici des travaux collectifs menés antérieurement et dont l'Institut entend souligner l'apport :
- Centre de recherches sur la Bible latine (CRBL)
- Centre Lumen Gentium (CLG)